В качестве даты первого официального матча по гандболу с участием петербургской команды называется 1913 год, когда была проведена встреча против соперников из Москвы. Однако по понятным причинам развитие игры, да и спорта в целом, вскоре приостановилось. И к вопросам физического воспитания в нашей стране вплотную вернулись уже в начале 1920-х годов. Серьезным толчком для популяризации игры как в формате 11 на 11, так и во варианте 7 на 7, послужило создание в Ленинграде в 1922 году физкультурного общества «Спартак». Его представители регулярно принимали участие в матчах по гандболу и ручному мячу, правда речь по большей части шла о районных или отраслевых соревнованиях.

Тем не менее, в 1926 году в Ленинграде произошло сразу два события, которые для развития гандбола вполне можно назвать историческими. Во-первых, в журнале «Спартак» силами Ильи Пейсина были опубликованы правила игры 7 на 7. А приверженцы гандбола в Ленинграде стали практиковать круглогодичные тренировки этой игры в зале, что стало нововведением не только для нашей страны, но и для мирового гандбола в целом. Однако отсутствие централизации развития вида спорта в нашей стране постепенно привело к кризису игры в СССР. Гандбольные секции закрывались, и этот процесс не обошел стороной и Ленинград.

О возрождении настоящего интереса к гандболу в Советском Союзе речь зашла в 1950-е годы, правда поначалу акцент в развитии был сделан на формат игры 11 на 11, более известный под названием «Ручной мяч». Именно в этом виде команда ленинградского Военного института физкультуры в 1957 году выиграла всесоюзый чемпионат Вооруженных сил (и как игрок, и как организатор в ней выступал Зураб Чейшвили), а сборная студентов городских вузов на последнем чемпионате СССР по ручному мячу в 1961 году заняла второе место.

Годом же позже был проведен первый чемпионат страны по версии игры 7 на 7, которая к этому времени в мире окончательно выиграла конкуренцию у менее динамичного формата ручного мяча. Ленинград на этом турнире представила команда «Политехник», в составе которой свой путь в гандболе начинал Юрий Климов - впоследствии капитан советской сборной на победном для нее олимпийском турнире в Монреале в 1976 году.

В 1963 году Ленинград в Высшей лиге чемпионата СССР был представлен уже командой «Труд», однако, как и «Политехник», она была фактически любительским коллективом, не имея времени для полноценных тренировок. Изменилась ситуация год спустя, когда при заводе «Большевик» была создана одноименная команда, которую уже можно было назвать полупрофессиональной (спортивным клубом завода руководил Петр Бобрицкий). В качестве тренера ее возглавил Виктор Фоменко. Вскоре «Большевик» стал правопреемником «Труда» в чемпионате СССР, но заметных успехов в турнире не добивался и после разделения первенства на дивизионы оказался в слабейшем. А возвращался в элиту уже под новым названием - «Нева», которое получил в 1973 году.

Еще один важный эпизод в развитии гандбола в Ленинграде связан с 1979 годом, когда на базе Академии физкультуры П.Ф.Лесгафта была открыта школа высшего спортивного мастерства, старшим тренером которой стал Владимир Ованесов, продолживший работу в «Неве» в качестве начальника команды. Главным же тренером «Невы» стал Валерий Сидоренко, заложивший базу, которая позволила петербургской команде стать первым чемпионом России по гандболу в 1993 году. Буквально перед этим сезоном Валерий Сидоренко отправился во Францию, а руководство «Невой» принял Сергей Федоров.

Золотой для себя турнир «Нева» начала в Москве в конце октября 1992-го, выиграв у столичных «МАИ» и «Кунцево», и уступив ЦСКА, причем капитан команды из Северной столицы Андрей Ковалев в трех этих играх забил сразу 28 голов. Спустя несколько дней «Нева» в Волгограде добавила к этим результатам еще две победы (над «Каустиком» и астраханским «Динамо») и две ничьих (с челябинским «Полетом» и «СКИФом»), став одним из лидеров чемпионата. В этой роли «Нева» только укрепилась после домашнего тура в спортивном комплексе Обуховского завода (чуть ранее предприятию «Большевик» было возвращено историческое название). А в роли одного из лидеров петербургской команды, которая повторно переиграла «МАИ» и «Кунцево», а заодно взяла реванш у ЦСКА, еще больше укрепился линейный Дмитрий Торгованов, в том же сезоне в составе национальной сборной выигравший чемпионат мира и вошедший в его символическую сборную. Впрочем, немало ключевых действий на площадке за время первого чемпионата России совершили и другие гандболисты «Невы»: Игорь Кустов, Олег Цай, Дмитрий Медведев, Сергей Зиза, Вячеслав Попов, Станислав Копыл, Сергей Мамчич, Александр Гладун, Андрей Моисеев, Алексей Демидов, Виктор Николаев, Константин Андреенко, Виталий Пелешенко, Вячеслав Попов, Андрей Селиверстов.

Завершив предварительный этап из четырех кругов на первом месте, гандболисты «Невы» не уступили лидерство и после финального этапа. Правда, в концовке чемпионата потеряли несколько очков и позволили челябинскому «Полету» добиться выхода в суперфинальные игры, которые были предусмотрены в случае недостаточно большой очковой разницы между лидерами. Но даже несмотря на то, что в регулярном первенстве петербуржцы ни разу не обыграли уральцев, дважды уступив и дважды сыграв вничью, мини-плей-офф завершился победой «Невы», которая выиграла в гостях со счетом 29:26 и дома - 29:27, став первым чемпионом России.

Увы, финансовые проблемы клуба, как и петербургского спорта в целом, не позволили «Неве» сохранить состав и высокие позиции в чемпионате в дальнейшем. Лишь в 2005 году «Степан Разин - Нева» с Юрием Бабенко в качестве главного тренера сумела вернуться в тройку призеров, выиграв бронзовые медали, но буквально спустя год команда, лишившись титульного спонсора, покинула Суперлигу, не найдя средств для выступления на высшем уровне.

Впрочем, паузу удалось сделать не слишком долгой. Укрепив сотрудничество с Университетом физической культуры имени П.Ф.Лесгафта, «Нева» под дополненным названием под руководством Владимира Ованесова в 2008 году вернулась в элиту. А в 2009 году в родной город уже в качестве тренера «Невы» вернулся олимпийский чемпион Дмитрий Торгованов, после чего петербургский клуб только в двух сезонах оставался без наград.

За время существования команды из Северной столицы тренерами «Невы» работали Фоменко В.Д., Клочков В.А., Ованесов В.И., Яковлев М.В., Купершмит А.Г., Сидоренко В.М., Бутан Р.М., Федоров С.А., Бабенко Ю.А., Коросташевич Л.А., Кобзарь В.П., Андреенко К.В., Торгованов Д.Н.

Наиболее значимых успехов на уровне сборных команд добивались в разные годы игравшие в составе «Невы» олимпийские чемпионы Юрий Нестеров, Дмитрий Торгованов, Вячеслав Атавин и Павел Сукосян, чемпион мира и Европы Александр Майстренко, победители Игр Доброй воли Игорь Кустов и Вадим Васильев, чемпионы и призеры чемпионатов мира среди студентов Андрей Ковалев, Сергей Зиза, Алексей Демидов, Сергей Рыбаков.

В октябре 2022 года стартовал новый этап в развитии гандбола в Санкт-Петербурге. Именно с этого момента гандбольный клуб из Северной столицы приобрел новое имя, продолжая славные традиции вида спорта в городе на Неве уже как "Зенит". Спустя полтора года - по итогам сезона 2023-2024 - петербургской командой были выиграны первые медали под новым названием - "бронза" чемпионата России. Этот успех довел количество наград гандболистов с берегов Невы в национальном чемпионате до пятнадцати: одно первое (1993), шесть вторых (2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2017) и восемь третьих мест (2005, 2015, 2016, 2018, 2019, 2020, 2022, 2024).